Верно использование дефиса: стритфуд-кафе «Вкусный дворик».

Основа: я был в кафе.

В этом предложении действие, названное оборотом со словами исходя из, не соотносится с действующим лицом, что не предполагает обособления: ...для каждого был разработан свой план интеграции на рабочем месте исходя из индивидуальной программы реабилитации.

В этом случае в кавычки следует заключать лишь то слово, которое употреблено в необычном значении: самое «компотное» кафе в столице.

В современной речи слово заведение сравнительно часто используется для обозначения предприятий / организаций общественного питания или, иными словами, ресторанов, кафе, баров и даже заведений питания (как обойтись без заведений питания ресторанного типа?). При обсуждении медицинских организаций говорят о лечебных учреждениях или, если возможно употребление наименований разновидностей медицинских организаций, о клиниках, больницах, кабинетах, лабораториях, центрах и т. д. Как всегда, уместность слов и описательных оборотов определяется с учетом стилистических особенностей конкретных текстов.

Нормативного общеупотребительного прилагательного от кафе не существует. Если Вы будете использовать вариант кафейный столик, нужно быть готовым к тому, что подавляющее большинство носителей русского языка воспримут такое написание как орфографическую ошибку.

Приложение — это компонент, главная функция которого состоит в дополнительной характеристике определяемого слова. Эта дополнительная характеристика может носить уточняющий характер, может служить указанием на особую важность предмета в каком-либо отношении (старейшая газета России в Вашем примере), может называть классифицирующий признак предмета (летопись в Вашем примере) и др. Поэтому ориентироваться разумнее не на различные попытки вывести правила разграничения приложений и определяемых слов, которые содержатся в различных пособиях, но не охватывают и не могут охватить всего разнообразия смысловых и прочих отношений в конструкциях с приложениями, а на этот главный признак: то, что служит дополнительной характеристикой, и является приложением.

Как Вы уже поняли, никаких реальных ограничений на то, чтобы главное слово было собственным наименованием в кавычках, не существует. Безусловно, бывает, что такое название как раз и служит приложением (кафе «Березка»), но из этого нельзя выводить никакого правила.

Когда имеется обособление, решать, конечно, проще: в обоих Ваших примерах обособленные компоненты и являются приложениями.
 

Нормативными словарями современного русского языка такой термин пока что не зафиксирован, однако корректно его написание со строчной буквы и через дефис: майер-курорт. 

Мы уже отвечали на Ваш вопрос; см. ответ на вопрос № 320827.

Правила оформления перечней подробно описаны в "Справочнике издателя и автора" А. Э. Мильчина и Л. К. Чельцовой.