Да, мужская фамилия Долгун склоняется. Правильно: Долгуну Сергею Павловичу.

В подписи предпочтителен вариант с запятой; существительное директор здесь играет роль поясняющего приложения. Если перед нами предложение, где Петр Петрович Петров — подлежащее, директор — сказуемое, то нужно поставить тире. 

Правильно. Мужская фамилия Кушнир склоняется.

Таким документом является словарь личных имен, в котором зафиксированы соответствующие имена.

Да, в подобных контекстах Ким превращается в обычную мужскую фамилию, которая склоняется (как и любые другие мужские фамилии, оканчивающиеся на согласный, независимо от их языкового происхождения): Киму Виктору Петровичу.

Приложения иконописец и кандидат педагогических наук характеризуют человека с разных сторон, а потому неоднородны, не требуют постановки запятой. Заметим, однако, что приведенный порядок приложений не является единственно возможным. Например, в предложении Иконописец Сергей Петров, кандидат педагогических наук, объяснил, чем отличается иконопись от живописи (в этом случае важнее то, что объясняет именно иконописец, а его ученая степень представлена как дополнительная информация).