В тех названиях городов, где компонент Сити по-русски пишется, он пишется с прописной буквы: Атлантик-Сити, Канзас-Сити, Кесон-Сити. Но Mexico City, New York City по-русски называются Мехико, Нью-Йорк.
Мехико и Мексика по-испански называются одинаково: México. Неодинаковое написание в русском языке объясняется традицией.