Правильно: подать апелляцию.
Предпочтительно (особенно в письменной речи): рапорты. Вариант рапорта разговорный.
Верно: подать иск к кому-либо.
Правильно: Подать ходатайство председателю комиссии.
Род. падеж ед. числа — томата, в значении 'паста' возможно томата и томату; род. падеж мн. числа — томатов.
Использовать можно, но выражение может быть понято слушателем (читателем) неоднозначно в этом случае.