Название в кавычках при родовом слове не склоняется: ученица школы «Интеграция».
Интегрировать — объединить/объединять части, стороны чего-л. в одно целое. Интеграция — объединение в одно целое каких-л. частей.
Возможны оба варианта предложного управления.
Например: России необходима решительная деспециализация военной промышленности и ее интеграция с гражданской экономикой [Виталий Шлыков. Черный хлеб военного бизнеса // «Отечественные записки», 2003]; ...происходило оседание кочевников на землях Руси и их интеграция в славяно-русский этнос [П. П. Толочко. Кочевые народы степей и Киевская Русь (1999)].
Словарная фиксация всегда несколько отстает от жизни языка. С этим приходится мириться.