Правильно строчными: индонезийская виза. Прилагательные, образованные от географических названий, пишутся с большой буквы, если они являются частью составных наименований – географических и административно-территориальных, индивидуальных имен людей, названий исторических эпох и событий, учреждений, архитектурных и др. памятников, военных округов и фронтов. В остальных случаях они пишутся с маленькой буквы.
Вероятно, дело в том, что это название пришло в русский язык не напрямую из индонезийского, а посредством европейских языков.