Верно: первый заместитель Председателя Правительства Российской Федерации.
Корректно: передать заместителю начальника финансового отдела (главного бухгалтера).
Это неоднородные приложения, поэтому запятая не требуется.
Увы, выбор здесь невозможен, так термины руководство и координация деятельности требуют разных падежей управляемого слова: руководство чем (которыми), но координация деятельности чего (которых). Предложение придется перестроить.
Если имярек занимает должности в разных организациях, то это уже не двойное название должности, а перечисление должностей: заместитель генерального директора АО «Василёк», управляющий директор АО «Ромашка» И. И. Иванов.
В данном предложении запятые не нужны; заместитель начальника и капитан полиции — обозначения должности и звания, то есть неоднородные приложения.
Названия должностей, в которых одна или обе части содержат пробел, пишутся с тире, заменяющим дефис в соответствии с правилами координации: повар — старший пекарь, заместитель директора — начальник отдела.
Вы правильно расставили знаки препинания в предложении.
Это регламентировано орфографическими правилами: "Названия должностей, званий, титулов пишутся со строчной буквы, напр.: президент, канцлер, председатель, министр, премьер-министр, заместитель министра, мэр, император, королева, хан, шейх, генеральный секретарь, заслуженный деятель культуры, лауреат Нобелевской премии, посол, атташе, директор, генеральный директор, академик, доктор наук, профессор, член-корреспондент, генерал-майор, командующий войсками, руководитель департамента, заведующий отделом, управляющий делами.
В официальных текстах названия высших государственных должностей и титулов пишутся с прописной буквы, напр.: Президент Российской Федерации, Председатель Правительства РФ, Председатель Государственной думы, Премьер-министр Индии, Её Величество Королева Англии (см. также § 202). Однако в неофициальных текстах эти названия пишутся со строчной буквы, напр.: выборы президента, выступление председателя Госдумы, распоряжение премьер-министра, приём у королевы" (§ 196).
В таких названиях склоняются обе части, пишущиеся через тире: заместителю генерального директора — главному инженеру. Сравним пример из параграфа 154 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина: обратиться к директору — художественному руководителю.
