Государственный академический Большой театр.
Аббревиатура ГАИ (и пришедшая ей на смену ГИБДД) женского рода: ГАИ провела проверки.
Мы бы не склоняли...
Название следует склонять: пески Гоби и Такла-Макана.
Предпочтительно: ракУшки.
Да, запятые поставлены правильно.
Постановка запятой не требуется.
Правильно: По нашим оценкам, это займет более двух месяцев.
Мужская фамилия склоняется, женская нет.