Запятая не нужна. Выражение как обычный урок тесно связано со сказуемым.

Возможны два решения, выбор зависит от варианта расшифровки числовой записи: займёт около двух с половиной лет, но займет около двух целых пяти десятых года.

Вариант ожидается, что процесс займёт около 2,5 лет возможен, если числовое выражение расшифровывается как двух с половиной. Если числовая запись передается как двух целых пяти десятых, то она требует продолжения года (ожидается, что процесс займет около 2,5 года).

Корректны оба варианта, хотя можно заметить, что в паре с предлогом до, как правило, употребляется предлог ​​​​​​​от.

Если сочетания по прогнозам/расчетам (кого, чего, чьим) и по данным/сведениям кого/чего/чьим указывают на источник информации, то они являются вводными и выделяются запятыми.

Фрагмент уместно оформить без использования прямой речи, поскольку в нем важно передать общий смысл слов, а не дословно процитировать кого-либо. При этом нужно выделить запятыми придаточное предложение: На вопрос, может ли вода на Земле полностью высохнуть, учёные отвечали, что это возможно и что такой процесс займёт 24 миллиарда лет.

В данном случае запятая не требуется, так как частица «чуть» в сочетании с «более» используется для указания на небольшое превышение количества или времени, а не для сравнения. 

Ведущий принцип русской пунктуации — синтаксический (формально-грамматический): знаки препинания отражают прежде всего структуру предложения. Вообще говоря, поскольку интонация (те самые «паузы и ударения» из Вашего вопроса) тоже связана со структурой предложения, знаки препинания часто передают и интонацию. Однако если синтаксический принцип вступает в противоречие с интонационным, побеждает синтаксический. Следовательно, запятая после союза как нужна, даже если на этом месте при чтении нет паузы: это часть парной запятой, выделяющей вводную конструкцию я думал: Всë оказалось не так, как, я думал, окажется. 

Сделаем проверку, изъяв вводную конструкцию из предложения: Всë оказалось не так, как окажется. Структура действительно не нарушена, с формальной точки зрения это правильно построенное предложение. Правда, с точки зрения смысла это предложение дефектно, и если нет задачи передать чьи-то слова без изменений, то предложение нужно отредактировать. Проще всего это сделать путём вычеркивания слова окажется. Тогда я думал будет уже не вводной конструкцией, а придаточной частью сложноподчиненного предложения, то есть займет то место, которое до редактирования занимала словоформа окажется: Всë оказалось не так, как я думал. 

Слово сутки не сочетается с числительными два, три, четыре и составными числительными, заканчивающимися на два, три, четыре. Чтобы избежать грамматической ошибки, слово сутки заменяют на слово день или используют конструкцию в течение 53 суток.

Пунктуация корректна.