См. вопрос 282667. Это особенность употребления именно слова сторона. Так, в сочетании на все четыре стороны ударение тоже падает "нелогично" с точки зрения современного языка.
В слове кран-букса склоняется только вторая часть: кран-буксы, кран-буксе и т. д.
Варианты равноправны: обе стороны́ и обе сто́роны, по обе стороны́ и по обе сто́роны. Но: обе договаривающиеся сто́роны.
Фраза обе столешницы корректна. Слово столешница в русском языке является существительным женского рода, а числительное обе употребляется именно с существительными женского рода в форме именительного падежа множественного числа. Ср.: оба стола.
Это просторечные выражения. Их можно использовать в неформальной обстановке или в художественной литературе для придания речи особого колорита или комической окраски.
Запятые не нужны: После согласования просьба вернуть документ.
