Если есть желание подчеркнуть иностранное происхождение имени (клички), то правильно будет сохранять в корне ё или даже писать его через йо: (без) Ёжа или Йожа, (к) Ёжу или Йожу, (с) Ёжем или Йожем, (о) Ёже или Йоже. Если есть намерение русифицировать имя, то склонять его можно так же, как слово ёж. 

Верно: ежиный нос и нос ежа.

Ваше замечание справедливо. Грамматически верно: поймал ежей, увидел галок. Это одушевленные существительные, винительный падеж у них в форме мн. числа совпадает с родительным.

Конечно, в поэтической речи возможны разного рода «неправильности», отступления от литературной нормы. Но здесь это отступление вряд ли оправданно. Лучше немного изменить стихотворение, и всё будет в порядке и с рифмой, и с грамматикой: Ходил он на охоту, поймал он двух ежей, Увидел он двух галок и маленьких чижей.