Если речь идет о терминологизированном употреблении качественных прилагательных (глухие согласные, тяжелая промышленность, скорый поезд и т. п.), то в подобных сочетаниях они действительно теряют многие признаки качественности. Некоторые исследователи полагают, что в этом случае следует говорить об их переходе в разряд относительных прилагательных.
Слово кстати в этом предложении действительно является наречием. Сочетание кстати и некстати входит в ряд обстоятельств, зависящих от сказуемого втискивали. Эти обстоятельства представлены как дополнительная информация, добавочные сведения (= «всюду втискивали науку, причем кстати и некстати...»), то есть представляет собой присоединительную конструкцию. Добавим, что, поскольку эта конструкция включена в предложение без союзов, предпочтительно было бы поставить тире: ...мы всюду втискивали науку — кстати и некстати, с умыслом и без умысла, искусно и неискусно. Впрочем, запятая в этих случаях также используется, и она не ошибочна.
Строго говоря, во второй части, которая представляет собой инфинитивное предложение, никакого типа сказуемого нет. Есть главный член односоставного предложения, выраженный — в данном случае — инфинитивом в сочетании со связкой (в настоящем времени она нулевая, а, скажем, в прошедшем времени обязательно обнаружится: ...а вот кошке к ее гнезду было не подобраться). Сказуемого, которое строилось бы по модели «формальная связка + инфинитив», в двусоставном предложении не бывает. Главный член односоставного предложения может описываться по формуле «главный член в форме такого-то сказуемого», если он действительно отвечает одной из существующих моделей сказуемого (Больного знобит). Здесь же и такого сказать нельзя.
Если это вопрос о падеже, здесь действительно необходим творительный падеж прилагательного или причастия. В подобных конструкциях прилагательное или причастие (при котором могут быть зависимые слова) находится в двойной зависимости: в падеже — от глагола, в числе и роде — от существительного: Они вешают флаг обращенным вверх (какой-либо частью); Знамя повесили перевернутым.
Такого правила нет, но слов, которые содержали бы приставку пре- и суффиксы -чив- или -лив-, в русском литературном языке действительно не существует.
Прилагательное Чебаркульский здесь действительно начинается с прописной буквы, но не потому, что оно образовано от названия города, а потому, что это первое слово в названии организации.
Во-первых, в приведенном примере, нет подчинительного союза. Есть союзное слово (то есть относительное местоимение) который: именно оно оформляет подчинительную связь.
Во-вторых, среди сложных предложений действительно есть модели, предполагающие одновременность событий, о которых сообщается, или их последовательность. Но это модели сложносочиненных предложений (Светит солнце, и дует ласковый ветерок, и воздух свеж и приятен; Взошло солнце, и все вокруг ожило и зашевелилось), сложноподчиненных предложений с придаточными времени (Когда он занят чтением, его стараются не беспокоить; Как только солнце взойдет, мы отправимся дальше) и еще целый ряд других, но только не предложения с определительными (по школьной классификации) придаточными. В предложении о деревянном здании, сгоревшем через 10 лет после постройки, никакой ошибки не допущено.
Подобный случай действительно нелегко найти в справочниках. И всё же он там упоминается — в примечании 2 к параграфу 48 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя:
Если авторские слова, стоящие после прямой речи, представляют собой отдельное предложение, то они начинаются с прописной буквы:
— Скорей, загорелась школа! — И он побежал по домам будить людей.
В примере из справочника прямая речь заканчивается восклицательным знаком, но полагаем, что аналогичным образом можно поступать и с точкой:
— А-а, ничего особенного. — Он изящно взмахнул рукой. — Я и не жаждал туда вступать…
Правила деления на слоги и правила переноса действительно часто не совпадают. См. правила переноса, изложенные в полном академическом справочнике «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.