Верно: Мы проверили все, даже самые невероятные, гипотезы и пришли к сенсационному выводу.
Лучше использовать кавычки разного рисунка. Предпочтительно: Некоммерческая организация «ПИК "Строим вместе"». Допустимо: Некоммерческая организация "ПИК "Строим вместе".
Указанные запятые нужны. Стилистически выражение "долгосрочно развивать" не вполне удачно. Может быть, следует перефразировать.