Верно: в течение последнего 21 дня.

При появлении отрицания при глаголе падеж прямого дополнения, как правило, меняется с винительного на родительный (о чем писал еще Пушкин). Строгие нормы хорошей литературной речи требуют соблюдения этого правила. Однако в течение последнего столетия эти нормы испытывали сильное воздействие небрежной, полуграмотной речи, что отмечалось в академической грамматике еще в 1980 г. Современная литературная норма считает употребление, которое Вы защищаете, допустимым, но строгая норма никуда не пропала, поэтому лучшим вариантом является тот, который вы пытаетесь оспорить.

Значительно более подробно см. в статье «Какой падеж нужен при отрицании?», размещенной в «Письмовнике» на портале «Грамота.ру».

Полагаем, что можно, однако лишь в тех случаях, когда необходимо связать это наименование с эпохой, в течение которой оно употреблялось.

Верно: в течение 1, 2 и 3 лет.

Словарями зафиксировано прилагательное ношеный-переношеный, так что и слово *ношеный-изношеный следует писать так же, если часть *изношеный по значению равна прилагательному *переношеный (то есть 'ношенный в течение долгого времени'), а не определяет степень изношенности.

Не вполне ясно, какие именно высказывания с двумя названными сочетаниями следует рассмотреть. Сочетание в период предполагает, что начисление неустойки может быть произведено в любой из моментов времени названного периода. В выражении начисление неустойки за период речь идет о промежутке времени, который учитывается при начислении неустойки.

Запятые не обязательны, но допустимы.

В данном случае корректно раздельное написание: Не использованная в связи с этим часть отпуска...

Тире ставится перед словом значит, присоединяющим составное сказуемое к подлежащему (в предложениях указывается на равносильность, равновесность или идентичность того, что обозначено подлежащим, и того, что обозначено сказуемым): Совсем — значит полностью, до конца. Симпатичный — значит милый или красивый. В течение — значит в определённое время.