Верное написание: в сборе. Пишем как существительное с предлогом.
Правильно раздельное написание: в сборе.
Вариант пунктуации: В связи с вышеизложенным и для обеспечения своевременной сдачи двигателей в сборе 21300100026000 (18 шт.) и 21300100026022 (2 шт.) в запасные части по плану июня 2012 года прошу Вас разрешить отпуск данных двигателей со склада 39184 на склад 29582 по ранее существовавшей схеме с регистрацией в ИС «КХП» текущего дня и
ИС «Охрана».
Фраза некорректна.