Запятая перед тире нужна.
В принципе может быть вводным словом (и выделяться запятыми) и выступать в роли обстоятельства (и не выделяться запятыми). Постановка знаков препинания зависит от интонации и смысла.
После поэтому запятая нужна. Если слова как только возникла проблема относится к обеим следующим частям предложения, вторая указанная запятая не ставится. Если только к части церковь стала на него реагировать -- ставится.
Наверное, вопрос должен быть сформулирован иначе: чем отличается плеоназм от тавтологии? Не так ли?