Употребление строчной буквы корректно. С прописной слово министерство пишется только как первое слово полного официального названия.
Рекомендации, приведенные в лингвистических источниках: День Воздушного флота России. См.: Розенталь Д. Э. Справочник по русскому языку. Прописная или строчная? – 7-е изд., перераб. и доп. М., 2005.
Однако в официальных документах все слова в этом сочетании пишутся с прописной. Например, в Указе Президента РФ от 29 августа 1997 г. N 949 «Об установлении Дня Военно-воздушных сил»: «Установить, что праздничные мероприятия, посвященные Дню Военно-воздушных сил, проводятся в День Воздушного Флота России».
Словарная рекомендация: Военно-воздушные силы РФ.
Если же речь идет обобщенно о родах войск, то уместно написание строчными буквами.
Словарная рекомендация: Воздушно-десантные войска РФ, Военно-воздушные силы РФ, Ракетные войска стратегического назначения РФ. Если же речь идет обобщенно о родах войск, то уместно написание строчными буквами.