Сейчас в значении "штраф" используется форма пени. Вариант пеня считается устаревшим.
Вариант пеня, выплатить пеню (единственное число) в словарях сопровождается пометой устаревшее. Современный вариант – пени, выплатить пени.
Если имеется в виду вода, которой дали отстояться, верно: отстоянная вода.
Верно: задолженность по пене. В дательном падеже слово пеня имеет окончание -е. Обратите внимание, что в значении 'штраф' это слово обычно употребляется во множественном числе, корректный вариант: задолженность по пеням.
Возможны оба варианта, но более употребительно минерализованная вода.
Современная норма: начисляются пени.
Слова вода и водка исторически родственны, но сейчас их вряд ли можно признать однокоренными, значение слова водка невозможно истолковать через значение слова вода. Приведем статью из этимологического словаря Н. М. Шанского и Т. А. Бобровой.
Во́дка. Искон. Суф. производное от вода. Первоначальное значение «спиртовой лекарственный настой» (на травах). Значение «водка», очевидно, возникло у этого слова под влиянием польск. wódka — свободной кальки лат. aqua vita «алкоголь» (буквально — «вода жизни»).
