Вильна - женского рода. Вильно и Вильнюс - мужского. Источник: Е. А. Левашов. Географические названия. Словарь-справочник. СПб., 2000.
В разговорной речи имя Алена изредка используют как замену имени Елена. Но в свидетельстве о рождения, паспорте и других документах они указываются как разные имена.
Гласный е в обоих словах входит в состав корня, суффикс в этих словах не выделяется (если опушка в значении 'край леса').
Полагаем, это разные имена.
Не видим весомых оснований для постановки запятой.
Возможны варианты: сапоги до колена и сапоги по колено.
Правильно: вилла барона Эмпана.