Корректны оба варианта: выбор порядка прилагательных зависит от того, какой аспект вы хотите подчеркнуть.
Правильно: через реку Ангару, в городе Иркутске. О склонении географических названий см. в «Письмовнике».
В «Справочнике по правописанию и литературной правке» Д. Э. Розенталя, в пособии Ю. А. Бельчикова «Практическая стилистика современного русского языка», а также в «Словаре географических названий» А. В. Суперанской указано, что такие названия не склоняются в сочетании с родовым словом: в городе Старый Крым, из города Великий Устюг, в городе Старый Оскол, над городом Лодейное Поле. В то же время «Словарь грамматических вариантов русского языка» Л. К. Граудиной, В. А. Ицковича, Л. П. Катлинской указывает, что в топонимах, выраженных сочетаниями слов, части наименования должны склоняться: в городе Вышнем Волочке, однако в разговорной и профессиональной речи распространился и укоренился несклоняемый вариант: под городом Вышний Волочек, в поселении Долгий Мост.
Поэтому рекомендуем несклоняемый вариант: в городе Верхняя Пышма.
Запятые факультативны.
Верно: нижняя палата парламента, верхняя палата парламента. Эти сочетания не являются официальными названиями органов власти в РФ, все слова в них пишутся со строчной буквы.
Это прилагательное коньковый.
Верно слитное написание: Верхнепышминский район.
Верно с одним н. Запятые нужны: Рукав, цельнокроеный с верхней частью переда, и т. д.
Запятая после то есть не ставится.
