Знаки препинания расставлены правильно.

Солидарны с Вами в рассуждениях.

Через дефис может писаться не только одно слово, но и сочетание слов. Это могут быть сочетания с приложениями (город-герой, студент-первокурсник, программа-открывашка), сочетания-повторы (умница-разумница), сложные термины (альфа-частица) и др. Бывают очень разные случаи, единого правила для всех не существует. Подробнее можно посмотреть в «Правилах русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина. Правда, вопрос о применении в таких сочетаниях кавычек там не рассматривается. Скорее всего, Вы правы, и в первых приведенных Вами примерах (мальчик-«умница», программа-«открывашка») лучше закавычить всё словосочетание. Что касается третьего (экс-«Интеграл»), то надо разбираться, что имеется в виду, и решать вопрос о кавычках в зависимости от смысла (к чему относится приставка экс, что такое Интеграл и т. д.).

Запятая нужна перед союзом и, она отделяет части сложного предложения.

В этом предложении сказуемое имеет высоту триста метров. Сказуемое составное именное. В академической грамматике 1954 г. читаем: «Количественное числительное может входить в сочетание с именем существительным, образуя неразложимое количественно-именное словосочетание. Такое сочетание, в разных падежных формах, может образовать сказуемое самостоятельно или в соединении с глаголами в формах всех трех времен и всех наклонений». Избранные примеры оттуда же: Сомок — пуда на два (речь идет о соме); ...любил, чтобы блиндаж был крепким — накатов в пять-шесть. (Грамматика русского языка. Т II. Ч. 1. М., 1954. С 480.)

В предложенном Вами примере высота 300 метров — подобное же неразложимое сочетание.

Представленное Вами предложение, уж простите, совершенно невнятно. Неясно, например, к чему относится ограничительный оборот кроме письменных работ, глагол относиться требует дополнения к чему и т. п.

Фраза Почётный житель г. Новосибирска, художник-монументалист, инициатор открытия Новосибирского художественного училища, на наш взгляд, небезупречна: лучше было бы заменить слово открытия существительным создания. Однако ошибочным приведенный Вами вариант не назовешь.

В приведенном Вами примере возможны оба варианта расстановки знаков, зависящие от смысла сказанного: Он рассказал мне грустную историю своей жизни потому, что доверял мне, потому, что не мог держать больше всё в себе и Он рассказал мне грустную историю своей жизни, потому что доверял мне, потому что не мог держать больше всё в себе. В первом варианте акцент сделан на причине (= рассказал именно потому), во втором — на результате (рассказал мне грустную историю своей жизни), причина же имеет второстепенное значение.

Примеры с сайта ФИПИ и в самом деле содержат ошибки. Но заключаются они не просто в дистантном расположении причастного оборота (обособленного определения), а в таком расположении, когда это определение следует после всей грамматической основы предложения, в которой подлежащее предшествует сказуемому. В примерах же из Воробьева и Булгакова обособленные определения предшествуют грамматической основе. Если обособленное определение подчинено подлежащему, оно может предшествовать ему и находиться где угодно до этого подлежащего. Если же оно подчинено подлежащему, но находится после него, то между подлежащим и этим определением могут находиться только такие другие члены предложения, которые тоже подчинены подлежащему. Начало состава сказуемого — Рубикон, пересекать который постпозитивному определению (к подлежащему) запрещено. В предложениях с сайта ФИПИ имеются подлежащие (Нефтяные) загрязнения и Экология, остальное же (являются угрозой всему живому в Мировом океане и является одной из молодых наук) — состав сказуемого. Ошибка и заключается в том, что в обоих случаях определение к подлежащему, находящемуся в начале предложения, помещено после состава сказуемого: при этом, как очевидно, возникает впечатление рассогласования, так как при восприятии предложения мы ищем «хозяина» определения в ближайшем слева существительном, а оно ни «хозяином» не является, ни соответствующей падежной формы не имеет.

Так что формулировка «дистантное расположение обособленного определения» ущербна, она далеко не полно отражает суть дела.

В приведенных Вами контекстах предпочтительно: К проекту закона поступили семь поправок, замечаний и предложений, из которых шесть приняты, одно замечание учтено; К проекту закона поступило четыре замечания, они приняты; Поступило более 4 тысяч обращений, из них более 2 тысяч — это мартовские обращения.