Правильно: Рассказывает бог знает что. В устойчивых сочетаниях, употребляющихся в разговорной речи вне прямой связи с религией, рекомендуется писать бог (а также господь) со строчной буквы. Для постановки запятой перед сочетанием бог знает что или внутри него нет оснований.

Устойчивое выражение бог знает (что, где, куда, как...) означает 'неизвестно (что, где, куда, как)' и зачастую употребляется, когда речь идет о чем-либо не очень хорошем: ехали бог знает куда; натворит без нас бог знает что.  Поэтому его употребление в данном предложении неоправданно.

Полный академический справочник «Правила русской орфографии и пунктуации» (М., 2006 и более поздние издания) рекомендует писать с прописной буквы слово Бог как название единого верховного существа в монотеистических религиях. Нормативное написание: верить в Бога, молиться Богу.

Однако в следующих случаях рекомендуется написание со строчной буквы:

1. В формах множественного числа, в значении одного из множества божеств, а также в переносном значении: боги Олимпа, бог Аполлон, бог войны.
2. В устойчивых сочетаниях, употребляющихся в разговорной речи вне связи с религией: не бог весть, бог знает что, бог с ним, не дай бог, ради бога, как бог на душу положит, боже упаси, ей-богу и т. д.  Невозможна прописная буква в таком, например, контексте: у него всё не слава богу.

С прописной буквы пишутся также прилагательные Божий, Божественный в религиозном контексте: храм Божий, благодать Божья, Божественная Троица, Божественная литургия. Но: божий одуванчик, божья коровка, божественный вкус (в знач. 'восхитительный').

См. также: http://gramota.ru/spravka/letters/?rub=ortho