В «Словаре географических названий» А. В. Суперанской (М., 2013) указано, что топонимы в сочетании с географическим термином бухта обычно не склоняются. Исключение составляют случаи, когда топонимы выражены именами прилагательными: в бухте Котор, но в Сиднейской бухте.
Верно: в бухте Средней. Подробнее см. в "Письмовнике".
Лучше всего посмотреть на карте.
Возможны оба варианта.
Правильно без кавычек: бухта Богородское Озеро и т. д.
Пожалуйста, воспользуйтесь словарями.
Правильно: в городе Шахты, в городе Зверево. Географические названия в сочетании с родовым словом не склоняются, если внешняя форма названия соответствует форме мн. числа. Топонимы славянского происхождения, оканчивающиеся на -ово, -ево, -ино, -ыно, не склоняются в сочетании с родовым словом.
Просим Вас обратиться к электронным словарям нашего портала (окошко «Проверка слова»).