Множественное число существительного выбирается при намерении или необходимости подчеркнуть, что речь идет о разных понятиях. Но возможно и единственное число существительного, т. к. эти понятия внутренне связаны между собой (оба флота входят в состав ВМФ России).
Корректно: особый отдел краснознаменного Балтийского флота.
Оба способа оформления корректны.