Во времена Салтыкова-Щедрина слово пескарь  писалось через И: пискарь (в таком написании это слово зафиксировано и в словаре Даля). Поэтому и в названии сказки Салтыкова-Щедрина, и в имени персонажа правильно написание с И: Премудрый пискарь. Во всех остальных случаях правильно: пескарь.

Норме литературного языка (даже в среде рефлексирующих) соответствует ударение на втором слоге: рефле́ксия. Место ударения в существительном не связано с местом ударения в соотносительном глаголе на -ировать. Ср. прогре́ссия — прогресси́ровать, инспе́кция — инспекти́ровать и др.

Если учитывать нормы русской грамматики, то следует констатировать, что право на существование имеют те и другие словосочетания: цикл длины и цикл длиной, код длины и код длиной, вектор длины и вектор длиной. Эти пары не являются синонимичными, поскольку различаются по меньшей мере грамматическими значениями. В первом случае может обозначаться параметр, каким обладает длина, во втором случае названный параметр характеризуется по той длине, какой он обладает. Согласуются ли грамматические значения с лексическими значениями терминов — это вопрос специалистам, использующим эти термины.

При помощи сопоставления падежных форм мы определяем вовсе не одушевленность предмета, а одушевленность слова. Деление существительных на одушевленные и неодушевленные — это характеристика не окружающего мира, а особенностей грамматического поведения слов. Одушевленные и неодушевленные существительные склоняются по-разному (имеют разные формы винительного падежа), именно это мы и определяем. На основании этого грамматического деления нельзя судить о том, принадлежит ли какой-то объект сфере живого или неживого с точки зрения биологии, поскольку разграничение этих сфер отражается в грамматике неточно и в разные периоды развития языка по-разному.

Согласны с большинством. Обособить нужно ряд определений уже полностью одетая и с чашкой горячего чая в руке, так как они оторваны от определяемого слова она. Сомнения могут быть связаны с тем, является ли данное сочетание определением или входит в состав сказуемого. Если бы не было обстоятельства времени, то могло быть так: Нарцисса выходит на палубу уже полностью одетая и с чашкой горячего чая в руке. В таком предложении один смысловой центр, фразовое ударение падает на однородные компоненты. Но обстоятельство времени не позволяет включить оборот в состав сказуемого, в предложении образуется два смысловых центра, два фразовых ударения: Нарцисса выходит на палубу спустя полчаса / уже полностью одетая и с чашкой горячего чая в руке. 

Конструкции с частицей НЕ входят в восклицательные предложения, в которых часто присутствует частица только. Такие предложения - по форме отрицательные - по содержанию всегда содержат утверждение: О чем только не думал он! (думал обо всем).
Конструкции с частицей НИ (часто с предшествующей частицей бы) всегда являются частью уступительных придаточных предложений: Что бы ни случилось, надо сохранять спокойствие.
См. Правила.

Также с прописной буквы: в старинных Евангелиях.

Вы правы в том, что при записи количественных числительных наращение не используется. Но в издательской практике прошлого при указании количества книг, томов наращение ставилось. В книге «Русское правописание с комментариями» в библиографическом описании на обороте титула (которое делало издательство) наращение присутствует.

Мы передали Ваше замечание авторам книги, они обсудят этот вопрос с издательством.