Корректно: Но сложно сказать, почему эпидемия закончилась, унеся всего лишь треть населения Европы, которая до этого была натуральным загнивающим Западом, заодно почистив популяцию, причём чёрного люда в первую очередь, так как его в целом было больше.
Запятая ставится после союза и, так как далее начинается придаточная часть: Я мать и, что необходимо моему ребенку, решаю сама. О подобных случаях говорится в пункте 2 параграфа 36.4 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя.
В этом случае ставится тире по правилам координации: сербский с носителем языка — филологом. Приложение филолог относится к словосочетанию носитель языка. Сравним возможное сочетание носитель-филолог, в котором ставится дефис, так как приложение относится к одному слову.
В строгой деловой речи принято формальное согласование, по мужскому роду, так как в официальной документации на первое место выдвигается информация о должности (безотносительно к полу лица): О назначении Ивановой Е. В. временно исполняющим обязанности главного бухгалтера.
Двоеточие ставить не нужно, так как предложение Этого не бывает играет роль приложения при существительном мысль: Но подсознание только хмыкнуло, намекая, что мысль «Этого не бывает» никогда не поможет добиться успеха в поставленной задаче.
О первом примере см. ответ на вопрос № 327147. При глаголе назвать в значении «присвоить имя» существительное может стоять как в именительном, так и в творительном падеже (см. соответствующие примеры в словарных статьях этого глагола).
Марочные названия вин пишутся в кавычках с прописной буквы. Без кавычек и со строчной буквы пишутся названия сортов вин: шардоне, мерло, рислинг. Скорее всего, в ресторанном меню употребляются именно марочные названия, а следовательно, необходимы кавычки и прописная буква.
Что касается названий сыров, то они пишутся с прописной буквы при обозначении торговой марки и со строчной буквы в бытовом употреблении. Это так называемые интерпретационные орфографические варианты: пишущий волен сам выбрать тот или иной вариант написания, желая подчеркнуть, что речь идет именно о торговой марке продукта или, наоборот, о бытовом употреблении названия. На наш взгляд, в Вашем случае корректно написание со строчной буквы в кавычках (поскольку в качестве собственного именования выступает, в первую очередь, название блюда, а сыр указывается только в качестве ингредиента).
Обе запятые стоят верно.
Запятая перед следует не требуется.
Деепричастие от глагола тереться неупотребительно.