Приведенные Вами выражения могут встречаться в разговорной речи, но неуместны за ее пределами. Есть употребительное выражение пустой чай. Приведем пример: Ничто не предвещало бедствия, когда, заночевав у Гали после небольшой попойки, я пил пустой чай у нее в комнате (Ю. М. Нагибин).

Замечание о названиях -е и -о в «Письмовнике» касается названий городов, то есть случаев, когда отсутствует согласование по роду: в городе Видное. Поскольку в Вашем примере, как Вы верно заметили, согласование полное, то причин не склонять название нет: в селе Красносельском.

Географические названия в сочетании с родовым словом обычно не склоняются в тех случаях, когда род обобщающего нарицательного слова и род топонима не совпадают. Здесь именно такой случай: село — средний род, Усть-Калманка ́— женский род. Лучше поэтому не склонять: жители села Усть-Калманка.

Слово интернет имеет в современном русском языке только одно значение, поэтому прописная буква для его выделения не требуется (ср.: телевидение, радио и т. п.). Тогда как прописная буква в слове Сеть подчеркивает, что в данном случае это существительное употребляется в специфически узком значении. 

Географические названия в сочетании с родовым словом обычно не склоняются в тех случаях, когда род обобщающего нарицательного слова и род топонима не совпадают. Здесь именно такой случай: село — средний род, Лариха — женский род. Лучше поэтому не склонять: в селе Лариха.

Предписание справочника обязательно выделять запятыми такие обороты противоречит письменной практике. Действительно, обстоятельственные обороты, которые находятся между подлежащим и сказуемым, обычно обособляются, но в художественной литературе можно найти немало примеров, когда запятые отсутствуют. В правиле скорее следовало бы написать обычно обособляются; как правило, обособляются.

Если речь идет об ударении, верить можно ответам справочной службы и орфоэпическим словарям, опубликованным на портале. В этом слове ударение вариативно, но варианты не равноправны. Предпочтительно: собрали́сь, допустимо: собра́лись. Для речи в эфире рекомендуемый вариант: собрали́сь, соответствующий строгой литературной норме.

Грамматически предложение построено верно, однако вопрос вызывает использование слова выведены. Если учащиеся находились в каком-либо помещении, а затем их увели оттуда на психолого-медико-педагогическую комиссию, тогда предложение корректно. Если же в предложении заложен другой смысл, стоит заменить слово выведены синонимом (направлены, отправлены и др.).

Вы правильно расставили знаки препинания. В подобных случаях, когда слово например стоит в начале пояснительной конструкции, оно не отделяется от этой конструкции знаком препинания. См. параграф 93 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.