Запятая факультативна. В примерах из современной литературы она чаще не ставится.

Словарями это слово не зафиксировано, но можно предположить, что оно состоит из приставки прото- [< греч. prōtos первый] 'первая составная часть сложных слов, обозначающая: первоначальный, первичный, напр. проторенессанс'  и сравнительно недавнего заимствования квир — 'термин, используемый для обозначения человека, чья сексуальность и/или гендерная идентичность отличаются от большинства'. Так, протоквир-теоретиком называют Мишеля Фуко, размышлявшим на подобные темы задолго до появления термина квир. 

Корректно: В случае ухода работника на пенсию по любым основаниям Работодатель выплачивает ему выходное пособие в размере до 30-кратного (тридцатикратного) среднемесячного дохода за последние 3 (три) месяца не позднее чем в 2-недельный (двухнедельный) срок с момента выхода приказа о разрыве трудовых отношений с Работником или подачи Работником заявления об увольнении по собственному желанию и ежемесячную дополнительную пенсию в размере, соответствующем п. 3. настоящего Трудового договора, пожизненно.

В этом сложносочиненном предложении две части, представляющие собой номинативные по структуре предложения, которые не обязательно предполагают восклицательную интонацию, в отличие, например, от предложений типа Сколько скрытого смысла в этих словах и какой отклик вызывают они у слушателей! или от соединения этикетных формул типа Всем отличных выходных и до встречи на мероприятии!. В приведенном предложении тире действительно наиболее уместный знак: Ещё пара недель — и сезон арбузов!

Правильно: не склонять.

Предпочтительно: слились, но допустимо и слились (от контекста это не зависит).

На общий вопрос, не подкрепленный примерами, можно дать только общий ответ: слово абсолютно может употребляться без последующего наречия.

Можно написать: желает не верить, не желает верить.

Да, термин «муниципальное образование» часто сокращается до аббревиатуры «МО».