Надеемся, что мы верно поняли Ваш вопрос о правилах употребления буквы э в современном русском письме. Едва ли есть какие-то особенности ее употребления применительно именно к заимствованиям из японского языка. История буквы э в русском алфавите весьма непроста. Написание е после твердых согласных, парных по твердости-мягкости, в заимствованиях типа тире, модель (вместо *тирэ, *модэль) и др. (то есть написание смягчающей буквы е в заимствованных словах после парных по твердости-мягкости согласных в тех случаях, когда они обозначают твердый согласный звук) само по себе является нарушением слогового принципа графики. Для читающего это нередко становится причиной орфоэпических трудностей: как произносить — О[д'э]сса или О[дэ]сса, эс[т'э]тика или эс[тэ]тика, б[р'э]нд или б[рэ]нд?

Еще в 1930-е годы академик Л. В. Щерба замечал, что «прямо преступно не пользоваться всеми возможными в русской графике средствами для указания правильного произношения». Однако при этом возникала бы иная проблема: что делать по мере обрусевания заимствованных слов, при котором твердые согласные перед э заменяются мягкими (ведь согласный перед орфографическим е остается твердым, как правило, лишь в таких заимствованных словах, которые еще не стали общеупотребительными или сохраняют принадлежность к научному или высокому стилю речи: наши бабушки говорили му[зэ]й, наши мамы — к[рэ]м, а теперь эти слова произносятся в соответствии с написанием), — снова корректировать написание таких слов, меняя при их обрусевании э на е? Это показалось невыгодным, и правилами 1956 года было утверждено написание буквы э после твердых согласных лишь в трех нарицательных существительных (мэр, пэр, сэр), а также в именах собственных. Таким образом, написание буквы е в подобных случаях учитывает изменение произношения слова в будущем и является более практичным. Однако с конца ХХ века написание новых заимствований с буквой э проникает в печать всё чаще и чаще, поскольку это зачастую единственный способ подсказать читателю произношение таких слов. Написание с э сохраняется до тех пор, пока слово еще недостаточно хорошо освоено языком и осознается как явно иноязычное.

Согласно толковому словарю, глагол стучаться имеет значения «ударяться, стукаться обо что-либо» и «ударять (в дверь, окно и т. п.), стуком выражая просьбу впустить куда-л. или вызвать хозяев». 

Значение «сильно биться, пульсировать» есть только у глагола стучать. Поэтому, действительно, верно: сердца стучат.

Минуя, исходя и учитывая - деепричастия.

Что касается приведенного примера, выбрать лучшую формулировку без контекста сложно. Вне контекста все три предложенных варианта корректны. Вариант по экспорту СПГ в обход "Газпрома" уместен в разговорной и публицистической речи.

Второй вариант ошибочен. Двоеточие в таких конструкциях  предписывается и полным академическим справочником «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина (см. пункт 5 параграфа 135).

Придаточная часть сложного предложения не входят в состав деепричастного оборота. 

1. Рекомендуем писать с маленькой буквы, так как это не официальные названия учреждений. 2. Для постановки запятой нет оснований.

Верно: ...сведения... являются строго конфиденциальными.

Указанная запятая нужна.

1. Сложившейся традиции пока что нет. На наш взгляд, названия доменов в составе собственных наименований сайтов и порталов при передаче буквами русского алфавита было бы правомерно писать с прописной: "Яндекс.Ру", "Ютуб.Ком" и т. д. Но это частное мнение "Справочного бюро".

2. Стараемся проверять. Укажите, пожалуйста, в каких ответах ошибочные ссылки.

Вы имеете в виду не запятые, а кавычки? Этому вопросу посвящена статья в рубрике "Письмовник" на нашем портале.