Если Вы имеете в виду часть наименования после тире, то слово филиал следует использовать в том же падеже, что и слово мастерские.
И. п.: Механические мастерские – филиал федерального государственного казенного учреждения.
Р. п.: Механических мастерских – филиала федерального государственного казенного учреждения.
Д. п.: Механическим мастерским – филиалу федерального государственного казенного учреждения.
В. п.: Механические мастерские – филиал федерального государственного казенного учреждения.
Т. п.: Механическими мастерскими – филиалом федерального государственного казенного учреждения.
П. п.: (О) механических мастерских – филиале федерального государственного казенного учреждения. 

От имен, в которых безударному а предшествует шипящий или ц, отчества образуются при помощи суффиксов -евич, -евна. Поэтому верно: Синиша → Синишевич, Синешевна. 

Любое определенно-личное предложение допускает двоякую интерпретацию: и как односоставное определенно-личное (и тогда полное), и как двусоставное неполное.

Корректно с запятыми: В сундуке, кроме толстого слоя пыли и старых тряпок, ничего не оказалось. Сейчас рекомендуется выделять запятыми обороты с предлогом кроме независимо от значения предлога.

Здесь нужно использовать форму винительного падежа союзного слова которые, поскольку переходный глагол покупать требует именно этой формы; слово которые замещает собой неодушевленное существительное банки, а значит, форма винительного падежа у него совпадает с формой именительного: ...о количествах банок, которые вы покупаете (но с одушевленным существительным: ...о животных, которых вы покупаете). Странность этого предложения состоит в лексической несочетаемости прилагательного трехзначный и существительного количество: трехзначным бывает число, а количество может выражаться трехзначным числом, но не быть трехзначным.

Вы верно использовали форму множественного числа союзного слова который.

Запятая здесь нужна: он знает, что ищет.

Из приведенных Вами вариантов предложений "не читается" только последний, все остальные возможны.

Правильно: управляющий филиалом банка. Такие слова, как заведующий, управляющий, командующий (т. е. существительные, произошедшие из причастий), управляют творительным падежом.