Запятая не нужна.
В словаре В. В. Лопатина, И. В. Нечаевой, Л. К. Чельцовой «Прописная или строчная?» рекомендовано написание с прописной: Послание Президента РФ Федеральному собранию РФ.
Правильно: поступать в бакалавриат, в магистратуру. Сочетания продолжают ряд поступать в лицей, в техникум, в институт, в университет, в вуз, в аспирантуру, в докторантуру, в академию.
В целом фраза корректна, хотя прилагательное бюджетные очевидно избыточно, коль скоро средства выделяются из федерального бюджета. Предпочтительно: В рамках Соглашения из федерального бюджета выделяются ассигнования в размере *** рублей.
Сочетание в приницпе здесь предпочтительно отделить запятой. См. о пунктуационном оформлении этого сочетания в «Справочнике по пунктуации» на нашем портале.
Существует слово женского рода учредительница, однако в официальном документе следует использовать существительное мужского рода — учредитель. Строгая книжная норма предполагает употребление сказуемого в форме мужского рода, если в предложении нет имени учредителя: учредитель решил. Сочетание учредитель решила вполне возможно, но привносит в текст разговорные черты. При наличии имени сказуемое ставится в форме женского рода: учредитель А. А. Иванова решила. См. подробнее в «Письмовнике».
Правильно: в возражении.
В таких двухкомпонентных предложениях с пропущенным сказуемым, обычно выступающих в качестве заголовков, слоганов и т. д., ставится тире. Восклицательный знак однозначно указывает на то, что перед нами законченное предложение, а не просто сочетание слов, поэтому тире необходимо.
Запятая нужна, она отделяет части сложносочиненного предложения.