Ваш вариант корректен. Обороты с причастиями имеющее и состоящее характеризуют не воды, а их сосредоточение, так что именно с этим существительным и следует согласовать названные причастия.

Прилагательное Чебаркульский здесь действительно начинается с прописной буквы, но не потому, что оно образовано от названия города, а потому, что это первое слово в названии организации.

Начальник караула — это должность, а должность и звание являются неоднородными приложениями и не разделяются запятой: Операцией командовал начальник караула лейтенант внутренней службы Иванов Иван Иванович.

Не зная контекста, можно сказать только одно: возможно и слитное, и раздельное написание. Если в тексте подчеркивается утверждение, нужно написать слитно, а если отрицание — раздельно.

Полагаем, что в данном случае форму годами следует интерпретировать не во временном, а в субъектном значении: порядок, заведенный (кем/чем) годами (то есть самим длительным временем).

Вы правы, в глаголе понимать и в производном от него существительном понимание (именно это существительное входит в задание) корень с чередованием. См. соответствующую словарную статью в информационно-поисковой системе «Орфографическое комментирование русского словаря».

В существительном ложка не выделяется суффикс -к-, потому что это слово не образовано ни от какого другого слова современного русского языка с помощью суффикса -к-. То же касается слов кружка, шишка: они не образованы ни от каких других слов с помощью суффикса -к-. Во всех этих слова -к- – часть корня.

В существительном кошка выделяется суффикс -к-, потому что это слово образовано от слова кот с помощью данного суффикса (происходит чередование т//ш).

Что касается корня, то здесь нет однозначного ответа: и помог-, и -мог- возможны. Но вот суффикс -АЛ- в этом слове, конечно, не имеет права на существование. Здесь мы полностью на стороне ребенка.

Вы правы, ставить запятую не требуется.

Никакой знак препинания после здесь не нужен. Что касается кавычек: представляется, что в этой фразе содержится призыв к пассажирам не просить остановить «где-нибудь здесь», поэтому корректно эти слова заключить в кавычки. Во втором случае кавычки не нужны, ведь слова где-нибудь там не содержат указания на чужую речь. Корректно: Остановка «где-нибудь здесь» будет где-нибудь там.