Если предлог кроме имеет значение «дополнительно, вдобавок к чему-либо», оборот с этим предлогом может обособляться, а может и не обособляться. Окончательное решение принимает автор текста.

А вот запятая перед чтобы в этом предложении обязательна.

Это термин психологии, его значение лучше уточнить в специализированных словарях. Цитируем словарь "Социальная психология":

Референтность [лат. referens — сообщающий] — отношение значимости, связывающее субъекта с другим человеком или группой лиц. Понятие "Р.", которое впервые применил американский психолог Г. Хаймен, утверждавший, что суждения людей о себе во многом зависят от того, с какой группой они себя соотносят, получило широкое распространение, но это понятие толковалось разными исследователями по-разному. В отечественной психологии в основу его трактовки был положен момент значимой избирательности при определении субъектом своих ориентаций (мнений, позиций, оценок) (Е.В. Щедрина). Отсюда Р. понималась как особое качество личности субъекта, определяемое мерой его значимости для другого человека или группы людей и в том числе выступающее фактором персонализации. В зависимости от ситуации Р. проявляет себя по-разному. Например, объектом референтных отношений для субъекта может выступать группа, членом которой он является, либо группа, с которой он себя соотносит, не будучи реальным ее участником. Функцию референтного объекта может выполнять и отдельный человек, в том числе не существующий реально (литературный герой, вымышленный идеал для подражания, идеальное представление субъекта о себе самом и т. п). Следует различать неинтернализованные отношения Р., когда референтный объект существует реально как внешний объект, определяющий ("диктующий") индивиду нормы его поведения, и отношения интернализованные, когда поведение индивида внешне не обусловливается никакими объектами, а все референтные отношения сняты и "переплавлены" его сознанием и выступают уже как его, индивида, субъективные факторы. Тем не менее и в этой ситуации референтные отношения также имеют место, хотя по форме они более сложны. Р. как качество субъекта или группы существует всегда только в чьем-то восприятии и отражает связи и отношения субъектов; в ней зафиксирована мера значимости данного субъекта или группы в глазах того или иного лица. Специфика Р. заключается в том, что направленность субъекта на некоторый значимый для него объект реализуется посредством обращения (реального или воображаемого) к другому значимому лицу. Таким образом, Р. имеет форму субъект-субъект-объектных отношений, т.е. таких, при которых отношение субъекта к значимому для него объекту опосредствуется связью с другим субъектом. Факт Р. индивида для других членов группы устанавливается с помощью специальной экспериментальной процедуры — референтометрии.

При цитировании текста, состоящего из абзацев, необходимо сохранять структуру исходного текста, включая абзацы. Кавычки ставятся только в начале и в конце всего текста. Иногда для более наглядного обозначения границ цитаты, состоящей из нескольких абзацев, используются дополнительные полиграфические способы выделения цитаты (другой формат, другой размер шрифта и т. д.).

Полагаем, можно подчеркнуть, указав над буквой я, что она обозначает два звука, подчеркнув дополнительно [й]. Хотя рассуждать можно и иначе: задание — подчеркнуть буквы, обозначающие мягкие согласные звуки, а не буквы обозначающие два звука. Что имели в виду составители задания, трудно разгадать. 

Слово особенно может присоединять члены предложения, содержащие дополнительные замечания и разъяснения. В этом случае присоединительные члены выделяются запятыми вместе со словом особенно.

В данном случае и особенно начиная с 2000 года – присоединительный член предложения, который выделяется запятыми: В течение последних 30 лет, и особенно начиная с 2000 года, наблюдался рост инвестиций.