Слово министерство пишется с большой буквы как первое слово официального названия учреждения: Министерство обороны Украины. Если полное официальное название не приводится, правильно написание строчными, например: в министерстве обороны пояснили...

Существительное с не пишется слитно, если перед ним имеется определение или предлог. Наличие этих слов является признаком того, что не с данным существительным образует единое слово. Верно: за неисполнение.

Правильно раздельное написание. Не с прилагательными пишется раздельно, если есть слова, усиливающие отрицание. В данном случае это отрицательные местоименные слова ни на что. Обратите внимание: пропущена запятая после плохо.

Под низом пишется в два слова, ударение падает на и. Но следует сказать, что это просторечие, его лучше не употреблять, а использовать слова снизу, под чем-то и т. д.

3D – это сокращение от three-dimensional (трехмерный). Кириллицей его обычно не пишут. В указанных случаях сокращение выступает в роли первой части сложного слова и пишется через дефис: 3D-книга, 3D-формат, 3D-эффект.

В конструкции при чём здесь / тут... правильно раздельное написание: при чём здесь я? при чём тут это? Слитно пишется союз причём: Она решила всё выяснить, причём здесь и сейчас.

Извините за неточность в ответе.

Корректно написание Афинская агора  (с прописной буквы пишется первое слово в составе собственных наименований, в т. ч. памятников культуры и архитектуры, ср.: Рязанский кремль).

Словарной фиксации нет, но логично было бы написать в одно слово (без дефиса), если в языке-источнике пишется слитно. Ср.: таймшер (от timeshare), такое написание фиксирует «Русский орфографический словарь» РАН.

Название этой организации пишется без кавычек, правильно: Красный Крест. См.: Русский орфографический словарь РАН / Под ред. В. В. Лопатина, О. Е. Ивановой. – 4-е изд., испр. и доп. – М., 2012.