Извините за задержку с ответом.

1. Запятые не нужны в обоих случаях.

2. Корректно: Эти ячейки пусты или не задействованы.

Слово «теперь» здесь не вполне справедливо: словари пишут о допустимости ударения до́говор (при предпочтительном догово́р) уже много десятилетий. В словаре-справочнике «Русское литературное произношение и ударение» под ред. Р. И. Аванесова и С. И. Ожегова (1959) указано: догово́р и допустимо в разговорной речи до́говор. Что касается нормативной оценки варианта договора́, то она в разных словарях неодинаковая: где-то такое ударение считается допустимым, а где-то ошибочным.

Студентам можно сказать правду: в образцовой литературной речи по-прежнему следует использовать вариант догово́р, догово́ры, при этом ударение до́говор не ошибочно, но гораздо менее желательно.  

Кавычки, указывающие на то, что заголовок является собственным условным наименованием, будут уместны на обложке книги. Двойные кавычки в рецензии избыточны.

Теперь ответить на этот вопрос можно не так, как мы отвечали раньше. В 2024 г. в академическом орфографическом словаре, размещенном на ресурсе «Академос» Института русского языка им. В. В. Виноградова РАН, разработаны новые способы подачи названий, которые употребляются на письме в двух формах – официальной и неофициальной. Официальная форма названия определяется в соответствии с юридической фиксацией (в Конституции Российской Федерации, федеральном законе, положении об организации, уставе) и обозначается пометой офиц. (официальное).

Названия, отмеченные пометой офиц., используются, как правило, в текстах официальных документов – Конституции Российской Федерации, федеральных законах, указах, приказах, официальной переписке и под., а также в информационных сообщениях СМИ, ссылающихся на официальный источник информации. В других типах текстов использование официальной формы написания не запрещается, оно допустимо, если отвечает намерениям автора и характеру написанного. В свою очередь второе написание, не сопровождаемое пометой офиц., является широкоупотребительным, также правильным, но неофициальным. Оно уместно за рамками официальных документов и официальных сообщений СМИ. См. об этом подробнее здесь: О подаче названий различного юридического статуса и применении пометы официальное.

Теперь «Академос» фиксирует:

Вое́нно-Морско́й Фло́т (в Вооруженных силах Российской Федерации, офиц.) и Вое́нно-морско́й фло́т (в Российской Федерации) 

вое́нно-морско́й фло́т (у страны́ си́льный вое́нно-морско́й фло́т) 

Вое́нно-Морско́й Фло́т СССР

Словарями это слово не зафиксировано, но можно предположить, что оно состоит из приставки прото- [< греч. prōtos первый] 'первая составная часть сложных слов, обозначающая: первоначальный, первичный, напр. проторенессанс'  и сравнительно недавнего заимствования квир — 'термин, используемый для обозначения человека, чья сексуальность и/или гендерная идентичность отличаются от большинства'. Так, протоквир-теоретиком называют Мишеля Фуко, размышлявшим на подобные темы задолго до появления термина квир. 

Это восходящее к старославянской конструкции «двойного дательного»  (ср. ст.-сл. чаѭще ему живу быти ‘они надеялись, что он был живым’)  употребление прилагательных и причастий в предикативной функции с инфинитивом (обычно быть): быть ему (1-й дат.) убиту (2-й дат.); ср. Это не помешало мне  быть задержану после (Пушкин). С 15 в. в литер. яз. постепенно вытеснялось творительным, но сохранялось до сер. 19 в.

Корректно: В случае ухода работника на пенсию по любым основаниям Работодатель выплачивает ему выходное пособие в размере до 30-кратного (тридцатикратного) среднемесячного дохода за последние 3 (три) месяца не позднее чем в 2-недельный (двухнедельный) срок с момента выхода приказа о разрыве трудовых отношений с Работником или подачи Работником заявления об увольнении по собственному желанию и ежемесячную дополнительную пенсию в размере, соответствующем п. 3. настоящего Трудового договора, пожизненно.

Если ответить коротко, то это предложный падеж, а если более подробно и точно, то это так называемый местный падеж (локатив) – одно из подзначений предложного падежа. См. ответы на вопросы № 263338 и 264234.

Запятыми можно заменить два знака тире. Можно поставить запятую вместо второго тире.

Вы совершенно правы: в этом предложении имеется амфиболия —неясность выражения, допускающего два различных истолкования. Синтаксическая амфиболия провоцируется  порядком слов, возможностью двоякого соотнесения.