Во втором случае можно говорить об уточняющем обороте. Непонятно, какова цель этих рассуждений.

Справочники по правописанию четко указывают жанры текстов, в которых Вы пишется при обращении к одному лицу с большой буквы. Это личные письма и официальные документы (заявления, служебные записки и т. п.). Если в книге имитируется жанр личного письма, тогда написание Вы может быть уместно. В остальных случаях это может восприниматься как некоторая вычурность. Не забывайте, что обращение на вы к человеку само по себе является признаком уважительного к нему отношения.

Нам представляется, что Вы предложили весьма удачное решение: система клинико-этиологической и анатомо-патофизиологической классификации. 

С точки зрения современных словообразовательных отношений мотивирующим словом для слова токарь является глагол точить. Те же отношения наблюдаем в парах лечить — лекарь, звонить — звонарь, писать — писарь. Конечная гласная основы инфинитива при словопроизводстве отсекается. Слова на -арь могут быть также образованы от прилагательных (дикий — дикарь) и от существительных (пес — псарь). Слово слесарь ни от чего не образовано, это заимствованное слово (нем. Schlosser), фонетическая форма которого сближена с обликом других слов на -арь.

Слово пользование есть в русском литературном языке, но характерно скорее для деловой, канцелярской речи (ср.: пользование электроэнергией, разрешение на пользование оружием, взять землю в личное пользование, места общего пользования). Слово использование более нейтральное. Поэтому из двух приведенных Вами вариантов (верных с точки зрения грамматики) мы бы выбрали условия использования сайта.

Это прилагательное не зафиксировано нормативными словарями, и возможны два варианта его написания: слитное спутанноволокнистый, так как сложное прилагательное образовано от словосочетания, члены которого объединены подчинительной связью (спутанные волокна), и дефисное спутанно-волокнистый, так как с формальной точки зрения в первой части слова присутствует самостоятельный суффикс прилагательного. Мы бы рекомендовали второй вариант. 

Такое употребление возможно, если это целое предложение, где сытна — сказуемое. Например, допустимо: Он съел два куска и сказал: "Сытна пицца!" Если Вы хотите заменить таким образом словосочетание сытная пицца (слово сытная выступает в роли определения), то это неверно. Например, назвать пиццерию или службу доставки "Сытна пицца" — значит нарушить правила русского языка.

Если Вы уверены, что предложение выглядит именно так, то да – это частица, она выделяется запятыми: Вам нужно, да, заполнить анкету. Но дело в том, что таким образом предложения строятся довольно редко. Частица да обычно стоит в начале предложения.

Или (если фразу записывали на слух), может быть, имеется в виду дозаполнить анкету?