Да, верно: в Архангельском порту; в комиссии при порте.

В этом названии склоняется только вторая часть: в Гусь-Железном.

Имеется в виду, что право возникает в указанный день.

Д. Э. Розенталь рекомендовал в подобных конструкциях согласовывать сказуемое с подлежащим, а не с уточняющими (поясняющими) членами предложения: Культурно-просветительская деятельность, в том числе организация экскурсий на территории МГОМЗ, не входит в вышеупомянутый перечень (см., напр.: Розенталь Д. Э., Джанджакова Е. В., Кабанова Н. П. Справочник по русскому языку: правописание, произношение, литературное редактирование. 7-е изд. М., 2010. §185, п. 4). 

Ю. А. Бельчиков (см. его справочник «Практическая стилистика современного русского языка» (М., 2012)) несколько смягчает рекомендации, допуская согласование с уточняющими (поясняющими) компонентами. Однако это допущение не распространяется на официальный стиль, в котором написано приведенное в вопросе предложение.  

Согласно современным словообразовательным словарям в слове пренебрегать приставка пре- не выделяется, корень — пренебрег-. Исторически слово пренебрегать образовано с помощью приставок пре- и не-, которые присоединялись к производящей основе бере- (глагол беречь), в процессе образования производного слова в основе происходили чередования (см. ответ на вопрос № 318502). При собственно морфемном анализе выделяют все узнаваемые морфемы в слове, в частности — приставку пре- в слове пренебрегать. Это различие в членении слова отражено в этимологических, словообразовательных и морфемных словарях.

Слово пренебрежение образовано от глагола пренебрегать при помощи суффикса -ени[j], который придает значение ‘характеризующийся действием, названным производящим глаголом’. Словообразовательный процесс сопровождается усечением инфинитивной основы и чередованием согласных в корне. При анализе структуры слова членение на морфемы аналогичным образом зависит от типа анализа: при собственно морфемном и историческом анализе приставка пре- выделяется, при синхроническом словообразовательном — нет.

Наречие пренебрежительно имеет значение ‘с пренебрежением’, образовано от прилагательного пренебрежительный. Вопрос о выделении/невыделении приставки пре- также зависит от типа анализа.

Пунктуация зависит от интонации и смысла:

Этот способ применения эффективен, в частности для детей младшего возраста (утверждается эффективность вообще, дальше следует присоединительная конструкция).

Этот способ применения эффективен, в частности, для детей младшего возраста (утверждается эффективность для детей младшего возраста, в частности – вводное слово).

В каких справочниках? Да, если разбирать по составу слова гостиная и гостиница с точки зрения живых словообразовательных связей между словами в современном русском языке, то можно найти основания не выделять в них корень гост-. Например, в «Морфемно-орфографическом словаре» А. Н. Тихонова в слове гостиница выделен корень гостиниц-, хотя в слове гостиная выделен корень гост-. Но это не отменяет того факта, что эти слова исторически родственные и связаны со словом гость. Объяснить написание с одной н возможно только через это родство. Гостиная образовано от гость (ср. также: гостиный ряд, гостиный флигель) и пишется с одной н как отыменное прилагательное с суффиксом -ин-. Гостиница пишется с одной н как слово, имеющее однокоренное прилагательное с одной н в суффиксе.

Запятая нужна. Это сложносочиненное предложение, вторая часть которого неполная: В каждом городе есть свои правила безопасности, и здесь [есть свои правила безопасности] тоже.

Предложение построено не вполне корректно, так как слова за долголетний добросовестный труд, заслуги в развитии топливно-энергетического комплекса Кинельского района, внедрение новых технологий, внёсших существенный вклад в совершенствование производства, повышение производительности труда воспринимаются как причина ходатайства, а не причина награды. Это некорректно. Предложение следует перестроить.

Возможный вариант: В связи с профессиональным праздником Днём энергетика ходатайствуем перед Министерством энергетики РФ о поощрении особо отличившихся и внёсших значительный вклад в развитие топливно-энергетического комплекса работников ОАО «Энерго» ведомственными наградами за долголетний добросовестный труд, заслуги в развитии топливно-энергетического комплекса Кинельского района, внедрение новых технологий, внёсших существенный вклад в совершенствование производства, повышение производительности труда.