Правильно: репозиторий (от англ. repository — склад, хранилище).
В обоих случаях корректно слитное написание (нет причин писать раздельно).
Пунктуация верна.
Словарная фиксация: Греко-Бактрийское царство. См.: Лопатин В. В., Нечаева И. В., Чельцова Л. К. Прописная или строчная? Орфографический словарь. М., 2011.
Оба варианта верны.
Это предложение канцелярского стиля. Может быть, попробовать сформулировать проще?
Мы предполагаем, что Вы имели в виду случай вроде река Енисей, когда название реки мужского рода. Выбор местоимения зависит от того, с родовым словом употребляется название реки или без него. С родовым словом верно: Мы вышли на реку Енисей. На ее берегах... Без родового слова верно: Мы вышли на Енисей. На его берегах...
Ответить на подобный вопрос можно только следующим образом: так сложилось. Это как пытаться ответить на вопрос: почему Земля – третья планета от Солнца, а не вторая и не четвертая? Так сложилось.
Правильно: Цвет ножки тот же, что и у шляпки, или более светлый...
Слова "по большому счету" обычно не обособляются, хотя иногда могут употребляться как вводные с оттенком значения "собственно говоря".