1. Вариант ба[ссэ]йн допустим. В «Большом орфоэпическом словаре русского языка» М. Л. Каленчук и др. (М., 2012) указано, что твердое произношение звука с в этом слове – младшая орфоэпическая норма, а в «Орфоэпическом словаре русского языка» под ред. Н. А. Еськовой (М., 2015) твердый и мягкий варианты признаны равноправными.
2. В большинстве орфоэпических словарей вариант к[рэ]м не рекомендуется.
Для русского языка нехарактерно "зияние" (т. е. следование подряд) гласных. Как правило, такое явление - признак заимствованного слова. А заимствованные слова осваиваются, т. е. мы начинаем произносить их в соответствии с фонетическими и грамматическими законами русского языка.
Справедливости ради, нужно сказать, что звуки могут исчезать и в исконных словах. Например, в слове следующий (разг. [следущий], с выпадением согласного [j] и гласного [у]).
Верно: найти двух одинаковых бабочек.
Здесь не нужен знак вопроса :)
Правильно: По нашим оценкам, это займет более двух месяцев.
Верен первый вариант.
Рекомендации см. здесь: Как правильно употреблять кавычки (часть вторая).