Верен первый вариант пунктуации. Также можно допустить третий вариант, но такая пунктуация воспринимается как авторская.

Правила русского языка не регламентируют того, должно ли число предметов, перечисленных в оборотах со словами в том числе или из них, в сумме совпадать с указанным ранее числом предметов. В данном случае в том числе и из них взаимозаменяемы.

Действительно, одно из основных правил сокращения слов звучит так: при стечении в конце двух одинаковых согласных оставшаяся часть слова должна заканчиваться на одном из них. Тем не менее некоторые общеупотребительные сокращения этому правилу не соответствуют. Так, «Русский орфографический словарь» РАН фиксирует сокращения корр. (корреспондент, корреспондентский), долл. (доллар), комм. (коммутатор) и др. Думаем, такие написания выполняют смыслоразличительную функцию: удвоение согласного позволяет отличить данные сокращения от кор. (корейский), дол. (долина), ком. (командир). Самостоятельное слово фотокор, разумеется, тоже существует, наравне с рабкором и селькором.

По своему жанру инструкция - это канцелярский, а не научный текст.

Мы рекомендуем писать такие названия в кавычках.

Да, всё верно. Написание н – нн зависит от того, чем является слово – отглагольным прилагательным (тогда нужна одна буква н) или причастием (тогда пишутся две буквы н). Жареная картошка – здесь жареная отглагольное прилагательное. Как только появляются зависимые слова, отглагольное прилагательное превращается в причастие, поэтому нужны две буквы н: жаренная с грибами картошка (картошку жарили с грибами, т. е. слова с грибами относятся к причастию жаренная). В примере жареная картошка с грибами слова с грибами не относятся к слову жареная (грибы не имеют отношения к процессу жаренья, ведь их добавили потом). Таким образом, здесь перед нами снова отглагольное прилагательное (нет зависимых слов), поэтому пишется одна буква н.