Оба варианта корректны.
Корректно: четыре бесплатные поездки. При существительных женского рода, зависящих от числительных два, три, четыре (а также от составных числительных, оканчивающихся на указанные цифры), определение, находящееся между числительным и существительным, в современном языке ставится, как правило, в форме именительного падежа множественного числа.
Предлог согласно требует дательного падежа: согласно (чему?) приложению.
С точки зрения языка верны оба варианта; чтобы выбрать нужный в Вашей ситуации, рекомендуем проконсультироваться с юристами.
В документах и научных работах нарицательное слово, которое указывает на определенный, названный ранее полно документ, пишут с прописной буквы довольно часто. Прописная выполняет здесь ту же функцию, что и определенный артикль. Однако такое употребление не предусмотрено правилами русской орфографии. Полагаем, что в Вашем примере достаточно указания на номер модуля, прописная буква не нужна.
Вы оформили предложение корректно: Комментарий клиента «2.4 сроки выполнения работ не соблюдены» является обоснованием и предусмотрен в расчёте показателей.
Д. Э. Розенталь отмечал, что формы определения и сказуемого в таких конструкциях взаимосвязаны; ср.: Разыграны три золотые медали. – Разыграно три золотых медали. Следовательно, возможны варианты 1 и 3.
Верно: по три гранаты.
Все запятые на месте, дополнительных знаков не нужно. Кавычки при слове подчинен также не требуются.
Тире уместно.
