Запятая перед что нужна.
Запятая нужна.
Запятая не нужна.
Запятая перед тире не нужна.
Согласно правилам координации, здесь вместо дефиса нужно поставить тире, так как приложение состоит более чем из одного слова: организация — держатель подлинников.
Запятая нужна. Пропуск запятой при двукратном повторении союза возможен только в случае употребления союза и (например: Кругом было и светло и зелено); в сочетаниях с союзом ни... ни... запятая не ставится только тогда, когда сочетание фразеологическое: ни то ни сё, ни себе ни людям и т. п. См. об этом параграф 26 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.
Запятая нужна, чтобы оборот по поручению начальника однозначно относился к сказуемому. Об обособлении оборотов с непервообразными предлогами см. в «Справочнике по пунктуации».
Верно: Паровоз, или локомотив, — один из видов транспорта.
Запятая перед союзом и не нужна.
Запятая нужна. Она ставится между частями сложного предложения.
