Выполнением домашних заданий мы не занимаемся.

Вы правы, сравнительный оборот в этом предложении входит в состав сказуемого и не должен выделяться запятыми.

Гнать - глагол второго спряжения (это означает, что в личных окончаниях этого глагола пишутся гласные И и Я). 

Всматриваться - глагол первого спряжения (в личных окончаниях пишутся гласные Е и Ю).

Предложения такой структуры, как Ваше, в правилах пунктуации не описаны. Полагаем, что запятая не нужна, как и в случаях, когда в качестве однородных членов выступают наречие и деепричастие (или деепричастный оборот), ср.: К дверям кабинета все подходили обыкновенно перешёптываясь и на цыпочках; Тот ему отвечал не смущаясь и откровенно. 

Такая формулировка ошибочна.

В научной статье лучше выбрать форму Великолуцкий уезд, соответствующую старому произношению (такое написание принято, например, в БРЭ). В материале для широкого читателя предпочтителен тот же вариант, но стоит указать в сноске при первом упоминании, что современная форма прилагательного от Великие Луки — великолукский.

Обороты с производными предлогами (например, вместе с) могут обособляться, если располагаются между подлежащим и сказуемым. Подробнее об этом в «Справочнике по пунктуации».

С точки зрения стилистики следует избегать таких повторов и перестроить текст.

Термин файлы использовать в текстах такого рода вполне корректно, так как в словарях современного русского литературного языка оно зафиксировано в том числе и в значении "тонкий пластиковый пакет для отдельных документов с перфорацией по краю для удобства подшивки в большие папки". Тогда как слово мультифора — это регионализм, распространенный только в Западной Сибири.  

Как представляется, лучше использовать другую глагольную лексему в этом предложении. Воспользуемся словарными подсказками: слово аттестация обычно сочетается с глаголами проводить, проходить. От этой традиции не стоит отступать.