Склоняются обе части, см. в «Письмовнике».
Верно: было положено начало (чему?) большой работе.
Оба варианта правильны, но вариант консультант по вопросам питания имеет некоторый канцелярский, официальный оттенок. Для живой речи характерно скорее Мой консультант по питанию посоветовал, чем Мой консультант по вопросам питания посоветовал...
Оба варианта — защита по «сухому ходу» и защита по «сухому» ходу — могут быть корректными, решение зависит от контекста. Если сухой ход рассматривается как единое понятие или термин, то кавычки можно ставить вокруг всего выражения: «сухому ходу». Если же выделяется именно слово сухой, то уместно оставить кавычки только вокруг него.
Верно: по процедурам (каким?), установленным нормативно-техническими документами.
Верно: по реке Сене.
Верно: по моем прибытии. Предлог по в значении 'после' требует предложного падежа.
Это слово испытывало колебания в написании, когда осваивалось в языке. Но это было давно. Сейчас правильно только карате. См.: Русский орфографический словарь РАН / Под ред. В. В. Лопатина, О. Е. Ивановой. – 4-е изд., испр. и доп. – М., 2012.
Предпочтительно слитное написание.
