Слово кофе пришло к нам во времена Петра I вместе с самим напитком. Как это часто бывает с новыми словами, у него было поначалу несколько вариантов написания и произношения, и со временем наиболее употребительными стали формы кофий и кофей, возникшие под влиянием слова чай (выпить кофея как выпить чая). Эти формы, разумеется, были мужского рода (кстати, в русском языке и сейчас есть слово кофеёк мужского рода). Под их влиянием и слово кофе приобрело мужской род.

Другое дело, что в отличие от слов кофий и кофей существительное кофе несклоняемое. Вы правы: несклоняемые неодушевленные существительные иноязычного происхождения, оканчивающиеся на гласную, в русском языке в подавляющем большинстве случаев относятся к среднему роду, исключения единичны. Поэтому кофе и стремится стать существительным среднего рода. И это нормальный языковой процесс, в истории русского языка есть много примеров того, как слова меняли родовую принадлежность, достаточно назвать хотя бы слово метро, которое было мужского рода (под влиянием существительного метрополитен), а стало среднего.

Но слову кофе «не повезло»: оно попало в тот небольшой список слов (кофе, договор, звонит...), к которым приковано общественное внимание и изменение нормы в которых воспринимается носителями русского языка как признак его «деградации», «порчи» и т. д. Такое негативное отношение образованных носителей языка к этому варианту влияет на его кодификацию: варианты черный кофе и черное кофе пока не признаются равноправными. В словарях мужской род слова кофе дан как строгая литературная норма, а средний род – как допустимое разговорное употребление.

Часть на условиях договора, контракта, лицензионного соглашения с производителями информации относится только к документам, размещенным на внешних технических средствах, получаемым библиотекой во временное пользование через информационно-телекоммуникационные сети. В противном случае предложение было бы построено иначе. 

Нужна запятая после компанию. Слово заказчик следует писать с маленькой буквы (если только это не условное наименование в тексте договора).

Слово "конвенциональный" имеет значение "условный, действующий на основании договора или соглашения". В Вашем контексте, вероятно, речь идет о необщепринятых методах обучения.

Можно обратиться к различным справочникам по делопроизводству. Логика понятна: в тексте договора одна из сторон - именно директор, т. е. важна должность, а не фамилия.

Оба сочетания возможны, выбор предлога зависит от контекста. Ср.: за весь срок действия заграничного паспорта так ни разу и не выехал из России и эти условия распространяются на весь срок действия договора.

Корректно: Документ по форме «Отвес», выдаваемый оператором полигона при выезде транспортного средства с полигона с указанием наименования заказчика, номера договора, государственного регистрационного номера транспортного средства, даты и времени заезда, массы транспортного средства при заезде и выезде и массы принятых отходов.

Корректная пунктуация: Можем ли мы изменить указанный вами приоритет заявки с [Crash, High] на [Medium, Low] в связи с тем, что, согласно описанию приоритетов в договоре о технической поддержке, данная заявка относится к более низкому приоритету? Концовку предложения лучше заменить на ...у данной заявки более низкий приоритет.