Нужны обе запятые. Таким образом – вводное сочетание, ввиду того что – составной подчинительный союз, начинающий придаточное предложение. Наличие перед союзом вводного слова – одно из условий расчленения союза (постановки запятой между его частями).

Корректно: Мы должны дать инструмент, который поможет выполнить задачу, и обучить им пользоваться. 

Правильно: компонентов. Ср.: компонента (им. п., ед. ч.) – компонент (род. п. мн. ч.).

Правильно здесь бывшем (окончание предложного падежа: в здании – каком? – бывшем). Окончание -им пишется в творительном падеже: зданием – каким? – бывшим.

Главный редактор прав. Верно: при заводе, строящем... Это форма предложного падежа. В творительном падеже окончание -им: с заводом, строящим...

В дательном падеже правильное окончание: -им (существам – каким? – не являющимся). Окончание -ими употребляется в творительном падеже (существами – какими? – не являющимися).

Трепетать — глагол первого спряжения. К сожалению, даже при поэтическом переносе ударения не может появиться окончание -им. Правильно: трепе́щем.

Некоторые существительные современного русского языка изменяются по так называемому смешанному склонению, то есть в ряде форм имеют окончания, свойственные существительным, а в других формах — окончания, свойственные прилагательным. К ним относятся, в частности, мужские фамилии на -ов, которые в творительном падеже имеют свойственное прилагательным окончание -ым (Иваном Ивановым, хотя селом Ивановом). Так же изменяются и термины швартов и кабельтов, которые происходят из голландского и не связаны этимологически с притяжательными прилагательными или фамилиями.

Для существительного кабельтов ряд словарей указывает смешанное склонение как единственное [Зализняк А. А. Грамматический словарь русского языка. М.: Русский язык, 1977; Аванесов Р. И. (ред.). Орфоэпический словарь русского языка. Произношение, ударение, грамматические формы. М.: Русский язык, 1988], согласно же [Кузнецов С. А. (ред.). Большой толковый словарь русского языка. СПб.: Норинт, 1998] субстантивное (то есть по образцу существительных) склонение возможно для существительного кабельтов в значении ‘пеньковый трос’, но не в значении единицы измерения. Однако в практике печати неединичны примеры субстантивных форм существительного кабельтов в значении единицы измерения: Каргин сразу определил дистанцию до головного катера: двадцать восемь кабельтов [Н. К. Чуковский. Балтийское небо (1946–1953)]; Приступая к исполнению возложенного на меня поручения, прошу вас с вверенным вам шлюпом «Мирным» в дурные погоды держаться в расстоянии пяти кабельтовов в кильватере ⟨…⟩ [Ф. Ф. Беллинсгаузен. Двукратные изыскания в Южном Ледовитом океане и плавание вокруг света... (1831)].