Первый вариант неправилен. Второй вариант возможен, также возможен и вариант написания без прописных букв. По отношению к ведомству Морского министерства Российской империи, полагаем, сейчас приемлемы оба написания. Какой была форма названия в официальных документах, нам установить не удалось, но в публикациях об истории российского флота встречаются и вариант со строчной, и вариант с прописной (неправильные написания тоже попадаются, но на них ориентироваться не стоит). Главное, чтобы в одном тексте использовался какой-то один вариант. 

Орфографически правильно: Геннадиевич, Геннадиевна и Геннадьевич, Геннадьевна; Валериевич, Валериевна и Валерьевич, Валерьевна; Виталиевич, Виталиевна и Витальевич, Витальевна; Евгениевич, Евгениевна и Евгеньевич, Евгеньевна. «Более правильных» и «менее правильных» вариантов среди них нет: все написания соответствуют орфографической норме (хотя у всех перечисленных отчеств, кроме Геннадиевич / Геннадьевич, формы с Ь более частотны). Главное, чтобы у конкретного носителя отчества во всех документах написание было единообразным: либо только формы с И, либо только формы с Ь. Это важно с юридической точки зрения.

К сожалению, подавляющее большинство читателей не обращают внимание на подзаголовок лексикографического издания "Слитно или раздельно?" — "опыт словаря-справочника". Это означает, что указанный словарь не имеет статуса нормативного, главное в нем — предисловие и приложения. Попросту говоря, список слов в том или ином написании представляет собой лишь иллюстрацию к теории слитных/раздельных/дефисных написаний, предложенной Б. З. Букчиной и Л. П. Калакуцкой. Обратите внимание хотя бы на то, что указанный словарь предлагает слитное написание *поллимона. 

По правилам русского языка, слова в словосочетаниях и предложениях связаны друг с другом, причем в большинстве случаев за счет того, что они меняют свою форму (число, род, падеж и т. д.).

Верно: Ивановой Марине Петровне — исполняющей обязанности начальника (здесь речь идет о согласованном приложении исполняющей обязанности начальника, которое меняет форму в соответствии с формой главного слова).

Верно: и. о. начальника отдела (в этом словосочетании главное слово обязанности требует от зависимого слова начальник формы родительного падежа: исполняющий обязанности — кого? — начальника отдела).

В предложении Летом мы ремонтировали крышу дома слово дома является дополнением. Кто-то, видимо, ошибочно решил, что существительное не может управлять дополнением, а зависимое сущ. при нем всегда является несогласованным определением. На самом деле существительные вполне могут управлять дополнениями; в частности, в данном случае главное слово — крыша — обозначает часть целого, и при таких сущ. регулярно использование в качестве дополнения слова, обозначающего то целое, часть которого названа. Вот, скажем, в словосочетании ограда Летнего сада зависимый компонент действительно является несогласованным определением.

Это или инфинитивное (или безличное) предложение с опущенным главным членом. В полном виде оно выглядит или так: На 100 г сухих изделий добавить не менее 1 литра воды (инфинитивное), — или так: На 100 г сухих изделий следует добавить не менее 1 литра воды (безличное). Таким образом, ни подлежащего, ни сказуемого здесь нет, а есть главный член, выраженный или инфинитивом, или сочетанием безличного глагола с инфинитивом. Тире ставится на месте пропуска главного члена: оно именно об этом пропуске и сигнализирует.

В правилах недостаточно разъяснений о том, от чего в подобных предложениях зависит выбор двоеточия и тире. На наш взгляд, тире нужно ставить в том случае, если главную информацию передают однородные компоненты, на них падает логическое ударение. Двоеточие нужно поставить, если главное в предложении то, сколько было предметов, логическое ударение падает на словосочетание с количественным значением. Информация о том, какие были предметы, второстепенная, дополнительная. 

Более вероятна такая расстановка знаков:

Открытие произошло на стыке двух наук — математики и физики.

В набор входит три карандаша: синий, красный и зеленый.

Вид связи в словосочетании не определяется вопросом. Управление — вид подчинительной связи, при которой существительное зависит от главного слова, то есть главное слово «требует» определенного падежа зависимого слова. При управлении форма зависимого слова в словосочетании не менятся при изменении главного, хотя потенциальная возможность такого изменения есть (шарф в клетку, шарфом в клетку и т. д., хотя возможны формы клетки, клеткой и прочие). Наличие предлога — характерный признак управления.

Примыкание — такой тип подчинительной связи, при которой к главному слову присоединяется неизменяемое слово (например, наречие по-узбекски).