Проблемы могут быть. Орфографически варианты Геннадьевич и Геннадиевич равноправны, но в документах одного человека должен последовательно употребляться только один вариант (либо только Геннадьевич во всех документах, либо только Геннадиевич). Лучше запастить справкой из ИРЯ РАН.

В обоих случаях верно раздельное написание.

Да, сочетание "коллеги по работе" ошибочно, хотя коллегами называют не только людей, работающих в одной организации, но и людей, имеющих общую профессию, общие профессиональные интересы и т. п.

Правильно: на трех тысячах языков. Разъяснения см. здесь: Как правильно употреблять числительные?

Следовательно, "душевное оздоровление" - это беседа с психиатром?

Духовный - от слова "дух", душевный - от "душа". Если имеется в виду "в здоровом теле - здоровый дух", то использование прилагательного "духовный" может быть оправданным в Вашем контексте.

Слово неотгрузка следует писать слитно. Легко представить контекст, в котором перед этим существительным стоит определение или предлог (получить сообщение о неотгрузке). Наличие этих слов является признаком того, что не с существительным образует единое слово.

Существительное сотрудник одушевленное, поэтому форма винительного падежа: (включить в план) трех сотрудников.

Вы написали примеры таким образом, что неясно, где начало каждого предложения, а где конец. Поэтому приведем общее правило. Если в сложном бессоюзном предложении вторая часть указывает на причину того, что описано в первой части, между ними ставится двоеточие. На практике двоеточие часто заменяют на тире, и это не считается ошибкой.

Если это правило не подходит для Вашего случая, пожалуйста, пришлите предложения в более понятной форме.

Вы правы: второе предложение противоречит первому, текст (инструкция) выглядит не вполне продуманным. Предложения лучше переформулировать.

У глагола отвернуть есть значение "отогнуть, загнуть", то есть ровно противоположное тому, что Вам нужно. Вариант Припуск или манжету не подворачивать корректный и понятный.