Правило об отсутствии запятой между сочинительным и подчинительным союзом при наличии в главном предложении второй части подчинительного союза – лишь частный случай более общего правила: запятая между союзами не ставится, если придаточное предложение невозможно изъять или переставить в другое место. Если в главном предложении есть вторая часть подчинительного союза, то изъятие или перестановка придаточного невозможна. 

Попробуем переместить придаточную часть в Вашем предложении: И разговаривали с ним, а он отвечал, если хотел, или молчал, а он говорил с ними, как с равными себе, [когда пришли старейшие племени]. Такая перестановка невозможна, поэтому запятая между союзами а и когда не нужна.

Первое: два личных местоимения - многовато. Второе: на наш взгляд, метонимия "служить мозгами и т. д." не вполне удачна.

Дело не в том, от топонимов ли образованы интересующие Вас названия, а в том, являются ли они именами собственными или уже перешли в разряд нарицательных. Ср. плащ болонья (от названия города Болонья), наган (первоначально: револьвер систимы Нагана; по имени изобретателя) и т. п. 

В настоящее время корректно: соус "Нью-Йорк", картофель "Айдахо" (и картофель айдахо — по аналогии с картофель фри), узел "Аскот". 

Знаки препинания расставлены корректно. Обратите внимание: ангел-хранитель.

Данная ситуация не регламентирована правилами. Чтобы не возникло неясности при чтении, лучше перестроить предложение или разбить его на два, например: Был он неграмотным? Или у него не работал монитор и он набирал тексты вслепую?

Эти слова выполняют функцию союза (не только, но и не; как, так и).

Да, здесь правильно: как бы ни был. Автора можно и нужно корректировать, т. к. здесь допущена орфографическая ошибка.

Слово наконец-то не обособляется.

Деепричастный оборот не обособляется, если он оказывается в ряду однородных членов предложения, выраженных другими частями речи. Поэтому дополнительные знаки препинания в этом предложении не требуются, пунктуация верна.