Метафорический перенос — это способ появления нового значения у слова, а омонимы — это разные слова с несвязанными значениями. То есть исходное и метафорическое — это два значения одного многозначного слова, это не омонимы.

Союз или в значении 'то есть' присоединяет пояснительные члены предложения, в этом случае перед союзом ставится запятая: 1. Такие инфекции называют трансмиссивными, или кровяными. 2. Этот путь называется еще аэрогенным, или респираторным.

Оба варианта возможны. Глагол поступить в данном случае характерен для официально-деловой сферы общения. У глагола прийти есть значение ‘быть доставленным (о чём-либо отправленном)’, ср.: пришло письмо (хотя у него тоже нет ног).

У глагола встать есть значение ‘прекратить движение, остановиться’. В «Большом универсальном словаре русского языка» под ред. В. В. Морковкина к этому значению приводится иллюстрация: Шедший впереди человек вдруг резко встал.

О таких случаях подробно написано в «Справочнике по правописанию и литературной правке» Д. Э. Розенталя, а именно в части, посвященной литературной правке, главе «Согласование определений и приложений», пункте «Два определения при одном существительном».

Что касается сочетаний с большими и красными яблоками, то здесь нарушена логика. Факт, что яблоко большое, не исключает того, что оно может быть красным, то есть в данных сочетаниях большое и красное не являются отличительными признаками. Так что сочетание большое и красное яблоки и тем более большие и красное яблоки некорректны.

Во втором примере проблема связана с ограничениями в сочетаемости слова человек. Здесь возможны варианты: большой человек и маленький и два человека: большой и маленький.

Если обстоятельство в большинстве случаев относится только к первой части предложения, то запятую нужно поставить. Если обстоятельство является общим (то есть относится не только к первой, но и ко второй части), то запятая не нужна. 

Корректно: ОСП. Инициальные аббревиатуры (то есть аббревиатуры, образованные из начальных букв каждого слова, входящего в полное название) пишутся прописными буквами. Исключения: вуз, втуз, дот, дзот. Аббревиатуры нэп и загс имеют варианты написания НЭП и ЗАГС.

Запятая не нужна, если части как будто волшебство уже на пороге и подарки ждут однородны, то есть относятся к слову настроение, раскрывают его смысл. В этом случае после союза и можно вставить союз как будто. 

Если в старой версии руководства не было этого раздела, то логично отнести определение именно к версии (то есть использовать форму включающую). Если раздел был и в старой версии, уместно согласовать определение с существительным руководства (включающего).

Определение подростковые здесь может выступать в роли пояснения (а не уточнения).

Пояснительные согласованные определения не выделяются, а лишь отделяются от поясняемого определения запятой. То есть при такой трактовке нужна только одна запятая: ...мои, подростковые проблемы.